Vienuolynas buvo įkurtas 1627 m. kaip gynybinis. Bernardinų vienuolių vienuolyno ir bažnyčios įkūrėjai buvo Zbaražo kunigaikščiai. Bernardinai pasirodė netoli Zbaražo 1627 m. Krokuvos kašteliono kunigaikščio Jerzy Zbarazhsky kvietimu. Jis pastatė jiems medinį vienuolyną ir pradėjo statyti mūrinę bažnyčią ir vienuolyną.
Bažnyčia pradėta statyti 1627 m., o po 10 metų buvo baigta kunigaikščio Janušo Vyšnevetskio ir jo žmonos Eugenijos pastangomis. 1637 metais princesė Višnevetskaja pasirašė vienuolyno įkūrimo aktą. Per kazokų karus vienuolynas išliko, nors ir buvo smarkiai apgadintas. 1675 metais totoriai ir turkai užkariautojai sugriovė bažnyčią ir vienuolyną, o tik 1723 m., padedami Jozefo ir Stanislavo Potockių, didingą Šv. Antano, kuris išliko iki šių dienų. Pašventinimas įvyko 1755 metų rugpjūčio 2 dieną. 1755 m. vienuolynas buvo rekonstruotas renesanso-baroko stiliumi. Interjeruose pritaikyta vadinamoji „iliuzinė tapyba“. Iš dalies išlikę altoriai su skulptūrine puošyba XVIII a. (A. Osinskio autorystė), XVIII amžiaus pabaigos freskų fragmentai. ir XIX str. Iš paveikslo, kaip ir iš nuostabaus raižyto vienuolyno dekoro, išliko tik fragmentai. Vienuolynas buvo vienas įtakingiausių Podolėje iki Austrijos-Vengrijos laikų (1785 m.), kai Cezario įsakymu įstaiga buvo „sekuliarizuota“. Prie vienuolyno veikė filosofinės studijos, veikė provincijos kapitulos. Nuo 1768 m. vienuolyne veikė ligoninė-prieglauda vargšams ir ligoniams, o nuo 1777 m. parapinė mokykla ir lotynų gimnazija. Čia išsilavinimą įgijo Ignacas Dašinskis (politikas, 1918 m. Liubelsko vyriausybės ministras pirmininkas) ir Baltojo erelio ordino savininkas arkivyskupas Ignacas Tokarczukas.
Ukrainos ir Lenkijos karo metu 1918-1920 m. vienuolynas smarkiai nukentėjo, jau pokariu virto griuvėsiais. Varpinė (1746-1755, architektas Johanas Ganzas) yra Bernardinų vienuolyno komplekso dalis. Skirtingai nei bažnyčia, varpinė nenukentėjo per 1788 m. gaisrą, todėl išlaikė pirmines baroko formas.

Bernardinai grįžo į miestą 1990 m. Šiuo metu šventykla palaipsniui grįžta į normalią būseną, nors jos rūsiai, kaip teigiama, vis dar pilni kaulų ir kaukolių – arba tai „suvenyrai“ iš praėjusių amžių vienuolių, arba nuo vėlesnių totalitarinių režimų aukų, griežtai sakant.