Mykolo vienuolynas su auksiniu kupolu yra vienas seniausių Kijevo vienuolynų. Jame yra ukrainietiška (Mazepa) barokinė arkangelo Mykolo garbei skirta katedros bažnyčia, sugriauta XX amžiaus trečiajame dešimtmetyje ir atstatyta dešimtojo dešimtmečio viduryje, taip pat restoranas su Šv. evangelisto Jono bažnyčia (1713 m.) ir varpine. (1716-1719). Spėjama, kad Šv. Mykolo katedra buvo pirmoji šventykla paauksuotu viršumi, iš kur ši savita tradicija atkeliavo Rusijoje.

Tradicija priskiria vienuolyno įkūrimą pirmajam Kijevo metropolitui Michailui. Pirmąją šventyklą arkangelo Mykolo garbei 1108 m. įsakė kunigaikštis Svjatopolkas Izyaslavovičius Dmitrijevskio vienuolyno vietoje, kurį, matyt, pastatė jo tėvas Izyaslavas I (pakrikštytas Demetriju).
Michailovskio katedra, pastatyta 1108-1113 m., Kijevo žmonėms buvo ypač svarbi, nes ji buvo skirta arkangelui Mykolui, dangiškajam Kijevo globėjui. XII amžiuje vienuolynas buvo kunigaikščių laidojimo vieta. Spėjama, kad tuo pat metu prie bažnyčios buvo įkurtas ir vienuolynas. Nuo seniausių laikų bažnyčia buvo vadinama auksiniu kupolu, tikriausiai todėl, kad tai buvo vienintelė tuo metu bažnyčia su paauksuotu viršumi. Iki Svjatopolko tradicija taip pat siejama su pagrindinės Auksinio kupolo vienuolyno šventovės, Šventosios Didžiojo Kankinės Barboros relikvijų, perkėlimu į Kijevą iš Konstantinopolio 1108 m.
Batu užėmus Kijevą ir 1482 m. Krymo chanui Mengl I Giray užpuolus Kijevą, vienuolynas su auksiniu kupolu buvo smarkiai apgadintas. Lenkijos karaliai įteikia jam laisvo abatų pasirinkimo ir nepriklausomybės nuo gubernatorių bei metropolitų raštus. XVI amžiuje vienuolynas buvo vienas turtingiausių Kijevo vienuolynų. 1612 m. Žygimantas III Auksiniu kupolu vienuolyną atidavė unitams, tačiau unitams nepavyko iš tikrųjų perimti nei vienuolyno, nei, matyt, vienuolijos valdų. Galbūt vienuolynas tai dėkingas kazokų paramai, kurių dėka 1620 metais Michailovo abatas Jobas Boretskis buvo pašventintas į metropolitą. Jobas liko gyventi Auksinio kupolo vienuolyne, kuriam laikui įgijusiame didmiesčio rezidencijos reikšmę.
Kijevą prijungus prie Maskvos valstybės, vienuolynas su aukso kupolu neteko daugumos dvarų, kurie buvo už Sandraugos likusiose teritorijose; kita vertus, tiek etmonai, tiek kazokų brigadininkas dosniai apdovanojo vienuolyną turtais kairiajame Ukrainos krante. Daug ką įsigijo vienuolynas žemės ir pirkdamas. 1800 m. Aukso kupolo vienuolynas buvo paskirtas Kijevo vyskupijos vikarų Čigirinskio vyskupų rezidencijai. Senovinė Svjatopolko bažnyčia dabar yra pagrindinės vienuolyno bažnyčios vidurinė dalis; iš jos išliko altorių apsidės, sienos iki tam tikro aukščio ir pagrindinis kupolas; taip pat buvo išsaugoti keli senoviniai mozaikos vaizdai, o 1888 m. buvo aptiktos senovinės freskos.

Šalia vyrų vienuolyno auksiniu kupolu XVII amžiuje buvo ir moterų vienuolynas su auksiniu kupolu, 1712 m. perkeltas į Podolę. Michailovskio vienuolynui priklausė sketė Feofanijoje, įkurta Kijevo apylinkėse 1861 m.
Katedros išmontavimas ir griovimas buvo vykdomas 1934-1936 m. Didžiojo kankinio Varvaros relikvijos buvo perkeltos į Vladimiro katedrą. 1934-35 m. išlikusios mozaikos perkeltos į naują pagrindą ir perkeltos į Šv. Sofijos katedrą (V. Frolovo vadovaujama restauratorių grupė). Sofijos katedros ekspozicijų salėje Eucharistijos mozaikai buvo pastatyta speciali siena, kurios forma atkartoja Šv.Mykolo katedros apsidę. Kai kurios freskos taip pat buvo pašalintos ir perkeltos į Leningrado (Ermitažas), Maskvos (Tretjakovo galerija ir Kijevo (Sofjevskio katedra) muziejus.

1997–1998 metais restauruota Šv. Mykolo katedra (oficialiai atidaryta 1999 m. gegužės 30 d.) yra viena pagrindinių Kijevo patriarchato Ukrainos ortodoksų bažnyčios bažnyčių. Mykolo katedros freskų originalius fragmentus ir kitus Ermitaže saugomus daiktus Rusijos Federacijos kultūros ministerija nuo 2001 metų perduoda Ukrainos kultūros ministerijai. 2008 m. liepos 15 d. buvo eksponuojamos Rusijos grąžintos freskos.
Gretimoje teritorijoje yra UOC-KP Kijevo teologinės mokyklos. Vienuolyno varpinėje įrengti modernūs elektriniai varpeliai ir unikalus varpinis-klavišinis muzikos instrumentas karilionas, sukurtas atlikti sudėtingas melodijas specialiai apmokyto muzikanto.