Išsikalusių karmelitų ordino Berdičevskių vienuolyną (vienuolyną-tvirtovę) 1627 m. įkūrė Kijevo srities vaivada ir generalinis seniūnas Janušas Tiškevičius, duodamas įžadą išsivaduoti iš totorių nelaisvės. 1630 m. Tiškevičius perleido savo Berdičevskių pilies dvarą su keliais netoliese esančiais kaimais po vienuolynu ir kaip vienuolyno ūkio pagrindą bei skyrė kitų vietinių ir piniginių lėšų. 1634 m. Berdičevo karmelitai pastatė "dolny" (požeminę) Mariinsky bažnyčią, pastatė prekybos kriptas, parduotuves ir kitus ūkinius pastatus, pailgino tvirtovės sienas. Statyba truko aštuonerius metus. Iškilmingas vienuolyno atidarymas ir žemutinės bažnyčios pašventinimas įvyko 1642 m. liepos 22 d. Į šią šventę fundatorius atnešė aukos dovaną naujajai bažnyčiai - Švenčiausiosios Mergelės Marijos ikoną, nuo seno žinomą Tiškevičių šeimoje. už savo malonę. (Pagal sovietmečiu paskleistą informaciją, karmelitai, siekdami padidinti bažnyčios pelningumą, iš stačiatikių Šv. Mykolo bažnyčios per prievartą atėmė stebuklinguoju vadinamą Dievo Motinos ikoną ir perdavė bažnyčiai. ). Netrukus Klyashtor tampa puikiu ekonominiu centru ir klasės veiksniu visam regionui. Šiuo atžvilgiu Berdičevo miestas auga, užtvindytas amatininkų ir pirklių, iki Berdičevo driekiasi piligrimų lavos. Lenkijos karališkoji valdžia atsižvelgia į vienuolyno kolonizacinį vaidmenį ir svorį bei teikia jam didelę reikšmę kaip pažangiam Lenkijos valstybingumo forpostui Ukrainoje. Valstybė taip pat padeda stiprinti vienuolyno karinę galią: remontuoja tvirtovę ir stiprina vienuolyną patrankomis ir nuolatine garnizonu. Kaip didelis ekonominės ir ideologinės įtakos vienetas, vienuolynas įtraukiamas į XVII amžiaus klasių prieštaravimų ir socialinių judėjimų ciklą. Dar XVII amžiaus keturiasdešimtaisiais tarp karmelitų ir Berdičevo miesto savininkų – vienuolyno globėjai (Tiškevičiai) pradėjo ilgą įnirtingą kovą dėl ekonominių pozicijų ir hegemonijos.
Karmelitų kova su stačiatikybe, prievartinis sąjungos plitimas, ekonominis ir teisinis gyventojų išnaudojimas pavertė vienuolyną visų vietos gyventojų socialinės neapykantos objektu. Todėl, kai dėl sudėtingų socialinių prieštaravimų 1648 m. Ukrainoje kilo „kazokų“ revoliucija, vienuolyną beveik visiškai sunaikino sukilėliai. Basųjų karmelitų tvirtovė kartu su gubernatoriaus Tiškevičiaus karinėmis pajėgomis bandė pasipriešinti kazokams, tačiau mūšyje prie Makhnovkos lenkų pajėgos buvo sumuštos, o Tiškevičiaus vienuolyną ir dvarus užėmė į Zborovą vykę Chmelnickio būriai. . Karmelitai, bėgdami nuo Berdičevo, Dievo Motinos paveikslą išsivežė į Lvovą. 73 metus ikona buvo seserų basųjų karmelitų vienuolyne, iki 1721 m. 1663 m. vienuoliai grįžo į Berdičevą. Atstatę sugriautą vienuolyną, 1684 m. Janušo Tiszkevičiaus įpėdiniai juos jėga išvarė. Ir tik 1717 m. Liublino tribunolo dekretu Berdičevo savininkams buvo liepta atiduoti vienuoliams areštuotą turtą ir atlyginti žalą. Tuo pačiu laikotarpiu karmelitai vėl atstatė vienuolyną ir grąžino Berdičevui Dievo Motinos ikoną.
Tuo pat metu vėl prasidėjo kova tarp karmelitų ir Berdičevų savininkų Zavivšų šeimos, kurie buvo Tiškevičių įpėdiniai. Kova dėl ekonominės hegemonijos taip paaštrėjo, kad 1684 m. Zawiszy privertė karmelitus pasitraukti iš Berdičevo. Karmelitai atkakliai kovojo už savo teises ir privilegijas, bylinėjosi tribunole, o galiausiai jų naudai buvo paduoti vienuolynas, bažnyčia, pilis-tvirtovė, Skraglivkos kaimas, dvaras, duona, gyvuliai ir iš Zawiszos buvo paimta daug pinigų vienuolynui remontuoti. Šiuo metu (XVII a. pabaigoje) Berdichevshchena teritoriją apėmė nauji kazokų-valstiečių maištingi judėjimai, kurie vyko vadovaujant garsiajam Fastovo pulkininkui Semjonui Palijui. Šie judėjimai lėmė mažų, dar laisvų, kazokų žemvaldžių kovą su stambia Ukrainos ir Lenkijos bajorija. 1706 m. Palijus sumušė Jakovo Potockio ir Ruščico kariuomenę prie Berdičevo, tačiau didelio Ukrainos kapitalo sergėtojas, etmono valdžia Ivano Mazepos asmenyje, greitai sutramdė liaudies judėjimą. Triukų ir išdavystės pagalba Mazepa suėmė Palijų Makhnovkoje ir paguldė į Berdichevo tvirtovės požemį, iš kur po kurio laiko Palijus buvo ištremtas į tolimą Sibirą. Tik 1717 m., numalšinus liaudies sukilimą, karmelitai vėl tvirtai apsigyveno Berdičeve, o 1721 m. grąžino iš Lvovo Dievo Motinos paveikslą. Karmelitai ypatingą dėmesį skyrė tvirtovės atstatymui. Senos sienos buvo suremontuotos ir labai padidintos; padedant karališkajai valdžiai, tvirtovė buvo apginkluota sunkiąja artilerija, pastatytas sustiprintas garnizonas, pačiai tvirtovei suteiktas „švenčiausiosios Marijos panakos tvirtovės“ pavadinimas. Tvirtovė tapo reikšminga karine tvirtove dešiniajame krante.
Jau 1732 m. karmelitų tvirtovė dalyvavo malšinant Haidamakų sukilimą ir buvo prieglauda turtingiems bajorams, bėgantiems nuo Haidamakų. Atsargūs karmelitai „tik tuo atveju“ nuvežė savo stebuklingą ikoną į Liubliną, kur ji išbuvo iki 1736 m. 1739–1754 m., pasinaudoję santykine ramybe regione, karmelitai pastatė naują didelę bažnyčią virš senosios „lėlės“ bažnyčios. Karmelitai, negailėdami lėšų jo statybai, pasikvietė žymius architektus Janą de Witte ir Grigorijų Tarnovskį iš Vokietijos ir Lenkijos; iš tolimosios Italijos buvo iškviestas garsus dailininkas Veniamino Frederice; Karmelitai paguldė su. Bistriko didelės plytų gamyklos, iš Podolės atvežtas akmuo plokštėse ir kt. Bažnyčia buvo pastatyta baroko stiliaus, su dideliu centriniu kupolu ir dviem aukštais šoniniais bokštais. Bažnyčios vidus ypač gausiai papuoštas auksavimu, lipdiniais, raižiniais ir piešiniais „al fresco“, kur barokiniai pamatai darniai derėjo su „rocaille“ stiliumi. 1754 m. popiežius Benediktas XIV nusiuntė į Berdičevskio bažnyčią auksines karūnas, papuoštas vertingais deimantais, kad būtų sukurta stebuklinga ikona, o ypač apsaugoti nuo Haidamakų – legendinių šventųjų karių Fiodoro ir Jurijaus relikvijų. 1755 m. ikona buvo karūnuota. Į karūnavimą atvyko magnatai Liubomirskis, Potockis, Sanguškai, Radzivilai, Slugockis, Choetskis, Voroničiai ir šimtai kitų gubernatorių, seniūnų, kaštelionų, maršalų – su savo karūnos ir teismo kariuomene; atvyko vienuoliniai jėzuitų, bazilijonų, dominikonų, piarų, karmelitų ir kitų būriai; Atvyko 72 skirtingos religinės brolijos. Tūkstančiai piligrimų, amatininkų ir amatininkų traukė į vienuolyną, tikėdamiesi rasti darbo; pirkliai čia rado jiems prekių ir kriptų. Karmelitai naudojosi iš visų šaltinių. Šiuo laikotarpiu vienuolyno ekonominė raida ir politinė reikšmė pasiekė aukščiausią lygį. Karmelitai, naudodami „vienybę“ kaip dvasinį ginklą, o kariuomenę – kaip materialųjį, visur sodino katalikybę. Vienuolyno ir Berdičevo svarba ypač išaugo nuo 1765 m., kai karaliaus Stanislavo Augusto įkūrimas suteikė teisę Berdičevui kasmet surengti dešimt didelių mugių. Tokią teisę įsigijo Radžvilai, į kurių rankas iš Zawišų perėjo Berdičevų valdos.
1758 metais karmelitai iš Austrijos atsivežė spaustuvę. Jis buvo įgytas už bažnyčios brolijos lėšas ir pagal karaliaus Augusto III Berdičevams karmelitams suteiktas privilegijas, kurias vėliau patvirtino imperatorienė Jekaterina II. Netrukus ši spaustuvė įgijo itin didelę reikšmę visoje Lenkijoje. „Discalced Carmelite“ spaustuvė per beveik šimtmetį trukusią gyvavimo laikotarpį (1758–1844) išleido daugybę religinių, politinių ir kitokių leidinių. Karmelitai taip pat saugojo vertingą biblioteką, joje buvo saugomi vertingi leidiniai ir rankraščiai net nuo XV a. Būdamas stiprus ekonominis ir karinis vienetas, vienuolynas 1768 m. aktyviai dalyvavo visuomeniniuose renginiuose, kovodamas prieš Haidamako judėjimą.
Užėmus Fastovą ir Makhnovką, Haidamakų būriai nusprendė užimti Berdičevo tvirtovę, tačiau tuo metu vienuolynas ir tvirtovė jau buvo ginkluotos kovos tarp Rusijos ir Lenkijos konfederatų, gynusių nepriklausomos Lenkijos pozicijas, cikle. Po konfederatų pralaimėjimo netoli Baro ir Žitomiro miesto konfederatų būrys, vadovaujamas Kazimiro Pulavskio, pasislėpė Berdičevo karmelitų tvirtovėje, kur jis atlaikė 25 dienas trukusią aštuonioliktojo Rusijos generolo Krečetnikovo korpuso apgultį. 1768 m. birželio 14 d. Pulasky kapituliavo prieš Krečetnikovą, „susiderėdamas“ dėl teisės laisvai palikti tvirtovę visam būriui, o Krečetnikovas, Maskvos įsakymu, pakeitė taktiką ir nukreipė savo kariuomenę prieš Gaidamakus.
Rusijos valdžia iš pradžių rėmė Gaidamakus, siekdama susilpninti Lenkijos pajėgas, bet, praradusi konkurentą savo komercinei sostinei Lenkijoje, Rusija prisijaukino ir gaidamakus, kruvinomis represijomis numalšindama maištus prieš dvarininkus. Rugsėjo 4 dieną Krečetnikovas iš karmelitų tvirtovės išsinešė patrankas ir kitus ginklus ir nuvyko į Gaidamakus. Pasitraukus rusų kariuomenei, karmelitai per 4 savaites vėl atstatė tvirtovę, įrengė garnizoną ir patrankas. 1772 m. padalijus Lenkiją ir 1775 m. sunaikinus Zaporožės Sičą, Rusija visiškai užvaldė Ukrainą. 1792 metais karmelitų tvirtovė Berdičeve buvo galutinai likviduota. Lenkijos žemės magnatas, norėdamas išsaugoti jų valdas, masiškai priėmė Rusijos pilietybę. 1794 m. balandžio 19 d. Rusijos carienė davė įsakymą Voluinės generalgubernatoriui Tutolminui, kad visi Minsko, Zaslavo ir Bratslavo gubernijose starostvos ir kitus dvarus turintys asmenys, priėmę Rusijos pilietybę, toliau naudotųsi dvaru kaip savo. neatimamas turtas.
Po bajorų katalikų dvasininkai ėmė kabintis į galingos Rusijos „skepetą“, taip išsaugodami savo privilegijas. Berdičevskio basieji karmelitai taip pat pakeitė savo taktiką ir politiką. Klyashtor Berdichevsky tuo metu tapo Voluinės ir Minsko vyskupo Kasparo Koloto Cetsinovskio rezidencija. Vėlesniais XIX a. metais vienuolynas vis dar atliko savo politinį vaidmenį per 1831 ir 1863 m. „dvarininkų riaušes“. Numalšinus lenkų sukilimus, Rusijos valdžia atkeršijo kliaštoriui surengdama daugybę represijų. 1832 metais buvo uždarytos karmelitų mokyklos, 1844 metais uždrausta spaustuvė, 1864 metais dėl politinio turinio uždrausta leisti Berdičevo kalendorius Žitomire, galiausiai 1866 metais panaikintas ir pats vienuolynas. Tais pačiais 1866 m. į Berdičevą atvyko Kijevo generalgubernatorius Bezakas su kariniu daliniu ir, išsklaidęs karmelitus, konfiskavo vienuolyno pastatus įvairių valstybės institucijų (policijos, ugniagesių, kariškių, vaistinės) reikmėms. ir dalį pastatų perdavė vietos pirkliams už kriptas prekėms. Taip pat buvo konfiskuota karmelitų žemė ir pramonės valdos.
1918 m. birželio 16 d. karmelitai vėl atgavo savo vienuolyno nuosavybę. Jie vadovavo parapijai ir buvo vienuolyno (šventovės) sargybiniai iki 1926 m. sunkiomis porevoliucinėmis sąlygomis. Mirus paskutiniam karmelitui – tėvui Teresijai Boleslavui Štobrinui – Rusijos komunistinė valdžia perėmė vienuolyną valstybės nuosavybėn. Viršutinėje bažnyčioje įkurtas muziejus, apatinėje – ateistinis kino teatras. 1941 m., prieš pat vokiečių įsiveržimą į Sovietų Sąjungą, vienuolyne kilo gaisras. Greičiausiai stebuklingoji ikona žuvo jos liepsnoje.
Per 1970-1980 m. Berdičevo administracinė valdžia, prižiūrima architektūros paminklų restauratoriams iš Kijevo, užtikrino bažnyčios saugumą – restauravo skliautus, ant bažnyčios ir jos kupolo įrengė naują cinkuotos geležies stogą. Atstatytos apdegusios celės, kuriose įsikūrė vidurinės – muzikos ir dailės mokyklos, kurios iki šiol užima ir naudoja vienuolyno patalpas pedagoginiams ir edukaciniams tikslams. 1991 metais Žitomyro ir Berdičevo valstybinė valdžia perdavė katalikų bendruomenei viršutinę ir apatinę vienuolyno bažnyčias. Aukštutinės ir apatinės bažnyčių pašventinimas įvyko 1991 m. gruodžio 8 d. Švenčiausiosios Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo šventėje. Pasiruošimas šiai šventei buvo naktinis maldos klausymas kartu su šventomis pamaldomis. Tai buvo pirmosios Šventosios pamaldos su pamokslu žemutinėje bažnyčioje po 65 metų pertraukos.
1992 m. liepos mėn. į Berdyčivą atvyko tėvas Tobišas Zažetskis, kuriam, be sielovados veiklos, buvo patikėtas remonto, restauravimo ir statybos darbų valdymas, vadovaujant architektūros paminklų restauratoriui iš Ukrproektrestavratsiya instituto Kijeve. Sporto salės pavertimas šventove truko kelias dienas. Bet tai buvo laikinas atnaujinimas. Netrukus, bažnyčią grąžinus tikintiesiems, prasidėjo jos funkcinės pirminės paskirties grąžinimas ir sugriautos architektūros atgimimas. Didžiausia restauratorių problema buvo pamatų ir sienų drėgnumas, atsiradęs dėl kritulių ir gruntinio vandens dėl hidroizoliacijos trūkumo. Drėgmės padidėjimą palengvino tai, kad bažnyčios požemiai ir ventiliacijos kanalai buvo užpilti gruntu. Grėsmingas drėgmės rezultatas buvo bažnyčios sienų apdruskėjimas, dėl kurio buvo sunaikintos mūrinės paminklo sienos. Kitas drėgmės rezultatas buvo mikrobiologinės infekcijos buvimas sienose nuo įvairių mikroskopinių grybų ir bakterijų. Valant požemius ir užpiltus kanalus buvo rasta daugybė žmonių kaulų ir griaučių, kuriems jie sukūrė masinę kapavietę – osiariumą – kriptoje po centriniu apatinės bažnyčios laivynu.
Siekiant sumažinti drėgmę ir išlaikyti šilumą žiemą, apatinėje bažnyčioje buvo įrengtas įstiklintas prieškambaris, užtveriantis išorinį įėjimą į bažnyčią. Kartu su bažnyčios sienų nusausinimu buvo tęsiami darbai keičiant pažeistą stogo konstrukcijų medieną ir vietoj surūdijusios cinkuotos stogo dangos įrengiant naują varinę stogo dangą. Taip pat bažnyčioje ir jos kupole buvo pagaminti nauji latakai ir dvigubi metaliniai langai. Pastačius nuosėdinę nuotekų sistemą, iš šiaurinės pusės buvo atkasti bažnyčios pamatai jų drenavimui ir hidroizoliacijai iš 1996 m. iš Vokietijos importuotų medžiagų. Anksčiau (dar 1993 m.) šoninėse navose buvo padaryta centrinio šildymo sistema. apatinės bažnyčios po grindimis. Kartu buvo įrengtas elektros apšvietimas ir radijo sistema. 1996 metais žemutinės bažnyčios vidus buvo tinkuotas ir nudažytas, vietoj medžio grindys išklotos keraminėmis plytelėmis. Kairėje altoriaus pusėje buvo pastatyta graži Nukryžiuotojo Kristaus koplyčia. 1994–1995 metais tęsėsi bažnyčios fasadų restauravimo darbai, atnaujinamas dekoras, bareljefai ir statulėlės pagrindinio fasado gale. Šie darbai buvo atlikti bažnytinių institucijų užsienyje finansinės paramos ir individualių aukų dėka. Šiuo metu vyksta viršutinės bažnyčios vidaus tinkavimo ir apdailos darbai.
Didelės pagarbos nusipelno ir Berdičevo miesto valdžios gestas, kuris savo lėšomis atkūrė tvirtovės sienas iš pagrindinio bažnyčios ir vienuolyno fasado pusės.