Donskojaus vienuolynas buvo įkurtas 1591 m. toje vietoje, kur buvo Rusijos karinė stovykla, garbei stebuklingo Maskvos išsivadavimo nuo Krymo chano Kazy Girėjaus invazijos. 1745 m. vienuolynas tapo stauropegialus – jis yra tiesiogiai pavaldus Maskvos ir visos Rusijos patriarchui.
Vienuolyno kapinėse palaidoti iškilūs rusų kultūros veikėjai - P.Ya. Chaadajevas, V.O. Kliučevskis, V.F. Odojevskis, O.I. Bove, A. I. Solženicynas ir kt. Vienuolyno Mažojoje katedroje palaidotas visos Rusijos Jo Šventenybės patriarchas Tichonas, kuris vienuolyne buvo sulaikytas ir mirė 1925 m. Vienuolyno Sretenskio šventykloje yra Gruzijos karalių ir kunigaikščių kapas.
1926 m. vienuolynas buvo uždarytas, jo patalpos perduotos antireliginiam muziejui, internatui ir pieno ūkiui. Viena iš kapinių bažnyčių buvo perstatyta į krematoriumą. Nuo 1934 m. vienuolyne veikė Architektūros muziejus, į kurį buvo atgabenta nugriauti dalis Maskvos bažnyčių. Dabar vienuolyne yra 6 aukšti reljefai iš senosios Kristaus Išganytojo katedros, kurie yra Triumfo vartų dizaino dalis.
Per Didįjį Tėvynės karą tikinčiųjų ir dvasininkų pinigais buvo pastatyta 40 tankų su Dmitrijaus Donskojaus vardu ant bokštų. Tam atminti priešais vienuolyną stovi karinė technika – tankas Dmitrijus Donskojus, patranka ir šarvuočiai.
1991 m. vienuolynas buvo grąžintas Maskvos patriarchatui. Iš viso vienuolyno komplekse yra 11 šventyklų ir koplyčia.