Перший романський храм на цьому місці був побудований у ХІ або у першій половині ХІІ століття і належав бенедиктинцям, про що свідчить булла папи Григорія ІХ 1229 року. У 1467 році костел був переданий Краківській академії. Пізніше будівля була розібрана і на її місці побудований готичний храм. У 1655 році під час шведської навали він був розграбований і спалений.
У 1677-1684 роках був побудований новий костел у стилі бароко. У нішах першого поверху встановлені скульптури святих Петра і Павла. Сучасні інтер’єри походять з другої половини XVIII століття. На початку ХХ століття проведена суттєва реконструкція храму за проектом архітектора Олександра Біборського.
Pirmoji romaninė baž nyč ia š ioje vietoje buvo pastatyta XI arba XII amž iaus pirmoje pusė je ir priklausė benediktinams, tai liudija popiež iaus Grigaliaus IX bulė.1229 m. 1467 m. baž nyč ia buvo perduota Krokuvos akademijai. Vė liau pastatas buvo iš ardytas ir jo vietoje pastatyta gotikinė baž nyč ia. 1655 m. , š vedų invazijos metu, jis buvo apiplė š tas ir sudegintas.
1677-1684 m. pastatyta nauja barokinė baž nyč ia. Pirmojo aukš to niš ose į rengtos š ventų jų Petro ir Povilo skulptū ros. Š iuolaikiniai interjerai datuojami XVIII amž iaus antroje pusė je. pradž ioje pagal architekto Oleksandro Biborskio projektą atlikta reikš minga baž nyč ios rekonstrukcija.