У цьому костелі формально народилася Річ Посполита – найбільша держава Європи епохи раннього нового часу. Тут у 1386 році хрестився як католик та коронувався польською короною Великий Литовський князь Ягайло. І хоча до створення держави з такою назвою було ще довгих 180 років, саме ця коронація стала першою цеглиною в її побудові. Тут народилася династія Ягеллонів, представники котрої правили крім Польщі також у Чехії та Угорщині.
До Кракова францисканці потрапили у 1237 році з Праги за сприяння чеської дружини князя Генріка ІІ Побожного. Будівництво костелу почалося після татарського набігу в 1241 році. Підтримку францисканцям надавав князь Болеслав Сором'язливий, який частково фінансував його спорудження. Костел освятили у 1249 році.
Потім костел багаторазово перебудовувався після воєн і пожеж. У 1657 -1673 роках до архітектури костелу були додані деякі елементи бароко. Його багате середньовічне оздоблення було знищене під час великої пожежі 1850 року. Після цього костел був відреставрований і дещо перебудований. Та пожежа була однією з найсильніших в Кракові. У ній згоріло 160 будинків, 4 церкви, 3 монастиря і 2 палаци – вогонь знищив майже 10% міста. Окрім житлових і торговельних приміщень були знищені і цінні бібліотеки та твори мистецтва. Відновлювальні роботи в костелі закінчилися тільки в 1912 році.
Š ioje baž nyč ioje oficialiai gimė Sandrauga – didž iausia ankstyvų jų naujų jų laikų valstybė Europoje. Č ia 1386 m. Lietuvos didysis kunigaikš tis Jogaila buvo pakrikš tytas kataliku ir vainikuotas Lenkijos karū na. Ir nors iki tokio pavadinimo valstybė s sukū rimo praė jo 180 metų , š is karū navimas tapo pirmą ja plyta jos statyboje. Č ia gimė Jogailaič ių dinastija, kurios atstovai valdė ne tik Lenkiją , bet ir Č ekiją bei Vengriją.
Į Krokuvą pranciš konai atvyko 1237 m. iš Prahos padedami č ekų kunigaikš č io Henriko II Pamaldž iojo ž monos. Baž nyč ia pradė ta statyti po totorių invazijos 1241 m. Pranciš konus rė mė kunigaikš tis Boleslovas Drovusis, iš dalies finansavę s jos statybą . Baž nyč ia paš ventinta 1249 m.
Tada baž nyč ia po karų ir gaisrų buvo daug kartų perstatyta. 1657-1673 metais baž nyč ios architektū ra buvo papildyta baroko elementais.
Jo turtinga viduramž ių puoš yba buvo sunaikinta per 1850 m. didelį gaisrą . Po to baž nyč ia buvo restauruota ir š iek tiek perstatyta. Tač iau gaisras buvo vienas stipriausių Krokuvoje. Jame sudegė.160 namų , 4 baž nyč ios, 3 vienuolynai ir 2 rū mai – gaisras sunaikino beveik 10% miesto. Be gyvenamų jų ir komercinių patalpų , buvo sunaikintos vertingos bibliotekos ir meno kū riniai. Restauravimo darbai baž nyč ioje buvo baigti tik 1912 m.