Pirmasis akmuo bazilikos statyboje buvo padėtas 1594 m. ir po 11 metų darbo baigėsi. Šis grandiozinis ir šiais laikais pastatas buvo pastatytas turtingo didiko pinigais iš laterito akmens, kurio Goa yra tiek daug. Dabar bazilika yra labiausiai lankoma Goa bažnyčia. Saugomas UNESCO.

Bazilika yra 56 metrų ilgio, 17 metrų pločio ir 19 metrų aukščio, iš pradžių buvo dengta tinku, kuris buvo pašalintas 1951 m. Nuo tada sūrus jūros vėjas niokoja akmenį. Nors bazilika skirta Jėzui Kristui, įdomu tai, kad altoriaus centre stovi 3 metrų aukščio Jėzuitų draugijos įkūrėjo Ignaco de Loylos statula. Jis stovi ekstazės pozoje ir atrodo kaip induistas. Virš I.H.S. vaizduoja Šventąją Trejybę. Ant nedidelio pjedestalo, prie Loylos statulos kojų, yra mažojo Kristaus statula.
1655 m. buvo pastatyta koplyčia į dešinę nuo pagrindinio altoriaus. Jame yra marmurinis mišrių indų ir italų stilių mauzoliejus. Jis pasirodė 1698 m. po 10 metų Florencijos meistro Giovanni Battista Fogini darbo. O Toskanos kunigaikštis Kosimas III užsakė mauzoliejų, taip padovanodamas bazilikai ir tikintiesiems. Mauzoliejaus papėdėje yra 4 bronziniai bareljefai su Pranciškaus Ksavero gyvenimo scenomis. 4 metrų mauzoliejaus viršūnėje – brangakmeniais inkrustuotas sidabrinis karstas. Karsto viduje matosi iš krištolo pagaminta urna. 1955 metais čia buvo patalpintos Šv.Pranciškaus Ksavero relikvijos, kurios anksčiau buvo laikomos medinėje urnoje. Yra trys urnos raktai su relikvijomis: pirmąjį turi Goa arkivyskupas, antrąjį – gubernatorius, o trečiąjį – vienuolyno rektorius.