Костел будували одночасно з монастирем для католицьких ченців (тринітаріїв) «Ордена Пресвятої Трійці». Тринітарії після прибуття в Прагу у 1705 р. подали прохання про створення свого конвенту. Отримавши імператорське схвалення, монахи 1708 р. викупили в Празі 4 будинки на території єврейського кладовища, закритого ще в 1478 р. На цьому місці вирішили звести храм. Архітектором вибрали Октавіо Броджі, а головними будівельниками - Криштофа Дінценхофера і Яна Їржі Айхбауера. Основна частина роботи підійшла до завершення в 1712 р. У червні 1713 р. єпископ Данило Йосип Майер провів церковний обряд освячення. Реформами 1783 р. були скасовані конвенція і сама церква Пресвятої Трійці. Лише завдяки протестам віруючих імператор Йосиф II відновив духовний статус храму.
Символіка Трійці проглядається в образі Костелу, починаючи з фасаду, розділеного на три частини (нефи) з трьома вхідними порталами і вікнами над ними. Основний вхід в середньому, головному нефі трохи ширше, на поверх вище і виділяється невеликим ризалітом. Будову вінчає розташований над центральною частиною купол з башточкою, а з боків фасаду височать постаті святих. Над головним входом барельєфний напис 1713 р. нагадує про донаторів (сучасною мовою - спонсорів) костелу.
Праворуч від будівлі, на вулиці, встановлена статуя святого Іоанна Непомуцького 1723 року в сучасній кубістській арці, зліва - статуя святого Юди Тадея 1734 р. Головне надбання і гордість храму - розташовані на стінах безцінні фрески 1778 р. Церковний звід розписував Антонін Шлахтер. Запрестольний образ на вівтарній картині писав Франц Антон Маульберч.
У 1979 р. костел Пресвятої Трійці закрили. Під ним велося будівництво лінії метро, і в зв'язку з підземними роботами стара на той час будівля могла зруйнуватися. Частину начиння і меблів перевезли в сховище, багато було розграбовано.
Після обвалення даху церкви на початку 1990-х років комісія з охорони пам'яток і влада розглядала питання про знесення будови. На радість віруючих і небайдужих городян, храм врятували, а в 1994 р. почалися роботи по реконструкції. Перш відремонтували крокви, дах, відреставрували фасад. Художнім оформленням після відновлення займалися реставратори Славікови. Роботи завершилися у 2004 році, і церкву відкрили для відвідування.
У 2006 році було прийнято рішення костел передати греко-католицькому Апостольському екзархату, щоб створити умови для проведення богослужінь і життя громади. З 2009 р. віруючі з України, Словаччини та інших країн, які проживають в Празі, приходять на служби, збираються на церковні свята. Служби ведуться словацькою та старослов'янською мовами.
Baž nyč ia buvo pastatyta kartu su katalikų vienuolių (trinitarų ) vienuolynu „Š v. Trejybė s ordinas“. 1705 m. atvykę į Prahą , trinitoriai kreipė si į savo suvaž iavimą . Gavę imperatoriaus sutikimą , vienuoliai 1708 m. Prahoje nusipirko 4 namus ž ydų kapinių teritorijoje, už darytose 1478 m. Š ioje vietoje nutarė statyti š ventyklą . Architektu buvo pasirinktas Octavio Broggi, o pagrindiniais statytojais – Christophas Dintzenhoferis ir Janas Jiri Eichbaueris. Didž ioji darbų dalis buvo baigta 1712 m. 1713 m. birž elį vyskupas Danielis Josephas Mayeris surengė baž nyč ios paš ventinimo ceremoniją . 1783 m. reformos panaikino konvenciją ir pač ią Š venč iausiosios Trejybė s baž nyč ią . Tik tikintiesiems protestuodamas imperatorius Juozapas II atkū rė dvasinį š ventyklos statusą.
Trejybė s simbolika matoma baž nyč ios paveiksle, pradedant nuo fasado, padalintos į tris dalis (navas) su trimis į ė jimo portalais ir langais virš jų.
Deš imtojo deš imtmeč io pradž ioje į griuvus baž nyč ios stogui, paminklosaugos komisija ir valdž ia svarstė pastato nugriovimą . Tikinč ių jų ir susirū pinusių pilieč ių dž iaugsmui š ventykla buvo iš gelbė ta, o 1994 metais pradė ti atstatymo darbai. Pirmiausia suremontuotos gegnė s, stogas, restauruotas fasadas. Slavikovo restauratoriai po restauracijos už siė mė meniniu projektavimu. Darbai buvo baigti 2004 m. , baž nyč ia atidaryta visuomenei.
2006 m. buvo nusprę sta baž nyč ią perduoti Graikijos katalikų apaš talų eksarchatui, kad bū tų sudarytos są lygos pamaldoms ir bendruomenė s gyvenimui. Nuo 2009 metų Prahoje gyvenantys Ukrainos, Slovakijos ir kitų š alių tikintieji lanko pamaldas ir renkasi į baž nytines š ventes. Paslaugos teikiamos slovakų ir seną ja slavų kalbomis.