У 1347 році Карл IV підписав указ про заснування на правому березі Влтави Нового Міста. Костел був першим храмом на цій території. Він був названий на честь короля Генріха ІІ Святого і його дружини Кунгути Люксембурзької. Комплекс, що складався з церкви з дзвіницею, житла священика, парафіяльної школи і кладовища, був зведений у 1348 році. Його урочисте освячення при участі першого празького єпископа Арношта з Пардубіце відбулось у 1351 році. Під час Гуситських воєн костел належав гуситам, потім перейшов під контроль утраквістів, а пізніше був повернутий римо-католицькій церкві.
Тринефна будівля костелу зведена з каменю. Вхід до церкви прикрашає скульптура Яна Непомуцького роботи Михайла Брокофа і статуя св. Іуди Тадеуша роботи невідомого автора - обидві 1709 року. На головному вівтарі зображені покровителі церкви: св. Йіндржіх стоїть на колінах і молиться за долю Праги під час шведської облоги, а св. Кунгута готується встати на розпечений леміш в знак доказу своєї вірності і невинності.
Під час реконструкції в XVIII столітті інтер'єр костелу уособлював бароковий стиль. Він був доповнений роботами видатних чеських майстрів: художників Вацлава Райнера і Карела Шкрета, скульптора Яна Бендля. Наступна значна перебудова відбулася в 1875-1879 роках, коли церква разом з окремою Йіндржішською вежею була реконструйована архітектором Йозефом Мокером.
При цьому були знесені шатрова покрівля і ренесансні частини декору, а кладовище перетворено в парк. Пізніше західну частину костелу доповнили ренесансний нартекс і барокові бічні капели. Сьогоднішній вигляд церкви являє собою результат неоготичних перебудов і реконструкцій XIX-початку XX століття.
Поряд з костелом 25 квітня 2014 року був освячений хачкар на честь вірменсько-чеської дружби. Подарував цей пам’ятник вірменській громаді Чехії і Праги каталікос всіх вірмен Гарегін Другий. Хачкар виготовлений з вірменського туфу.
1347 m. Karolis IV pasiraš ė dekretą , kuriuo deš iniajame Vltavos krante buvo į kurtas naujas miestas. Baž nyč ia buvo pirmoji baž nyč ia š ioje vietovė je. Jis buvo pavadintas Liuksemburgo karaliaus Henriko II ir jo ž monos Kungutos vardu. Kompleksas, kurį sudarė baž nyč ia su varpine, kunigo rezidencija, parapinė mokykla ir kapinė s, pastatytas 1348 m. Jo iš kilmingas paš ventinimas į vyko 1351 m. , dalyvaujant pirmajam Prahos vyskupui Arnoš tui iš Pardubicė s. Husitų karų metu baž nyč ia priklausė husitams, vė liau pateko į utrakistų kontrolę , o vė liau buvo grą ž inta Romos katalikų baž nyč iai.
Trinavė baž nyč ios pastatas mū rinis. Į ė jimą į baž nyč ią puoš ia Michaelo Brokoffo Jano Nepomuko skulptū ra ir Š v. Judo Tado kū riniai než inomo autoriaus – abu 1709 m. Pagrindiniame altoriuje pavaizduoti baž nyč ios globė jai: Š v. Jindrichas stovi ant kelių ir meldž iasi už Prahos likimą š vedų apgulties metu, o š v.
Kunguta ruoš iasi atsistoti ant į kaitusio plū go kaip savo iš tikimybė s ir nekaltumo į rodymo ž enklo.
XVIII a. rekonstrukcijos metu baž nyč ios interjeras į kū nijo baroko stilių . Ją papildė iš kilių č ekų meistrų : dailininkų Vaclovo Rainerio ir Karelio Š kreto, skulptoriaus Jano Bendlo darbai. Kita reikš minga rekonstrukcija į vyko 1875-1879 m. , kai baž nyč ią kartu su atskiru Jindř iš bokš tu rekonstravo architektas Josefas Mokeris.
Kartu buvo nugriautas palapinė s stogas ir renesansinė s dekoro dalys, kapinė s paverstos parku. Vė liau vakarinę baž nyč ios dalį papildė renesansinis narteksas ir barokinė s š oninė s koplyč ios. Š iandieninė baž nyč ios iš vaizda yra neogotikinių ir XIX–XX amž iaus pradž ios rekonstrukcijų rezultatas.
2014 metų balandž io 25 dieną armė nų ir č ekų draugystė s garbei š alia baž nyč ios buvo paš ventintas chač karas.
Š į paminklą Č ekijos ir Prahos armė nų bendruomenei padovanojo visų armė nų katalikai Gareginas II. Chač karas pagamintas iš armė niš ko tufo.